Nel corso dei secoli il complesso monastico ha subìto innumerevoli vicissitudini, passando dalle dipendenze dell'Abbazia di Monte Cassino a quelle della congregazione olivetana, fino ai saccheggi operati dai soldati francesi nel 1798. Dopo un lunghissimo periodo di abbandono in cui l'Abbazia ha raggiunto il massimo del degrado, diventando anche stalla per pecore, la Regione Lazio, attraverso l'istituzione del Parco Naturale Regionale dei Monti Aurunci, ha attivato, sin dal 2000, un programma di recupero del complesso di San Magno, che attualmente comprende un terreno, il monastero, una foresteria e un mulino medioevale, alimentato dalla forza dell'acqua di una sorgente situata proprio sotto l'Abbazia. Un percorso iniziato in maniera determinante con la passata Giunta guidata da Francesco Storace e con l’allora presidente del Consiglio regionale Claudio Fazzone. L’attuale Giunta presieduta da Piero Marrazzo, su impegno in particolare dell’assessore all’ambiente Filiberto Zaratti, ha fortunatamente proseguito nella stessa direzione, stanziando altre importanti risorse finanziarie. In particolare, nell'aprile del 2006, a seguito di una campagna di scavi, e' stato riportato alla luce il transetto di destra della chiesa medievale contenente un ciclo di affreschi della vita di San Benedetto risalente al periodo compreso tra il 1070 e il 1090. Un ciclo di pitture di straordinaria importanza perché realizzato dalle stesse maestranze bizantine che operarono a Monte Cassino nel periodo dell'Abate Desiderio. A dicembre 2007 il presidente della Regione Marrazzo e l'arcivescovo di Gaeta, Bernardo D'Onorio, hanno firmato un protocollo d'intesa, in cui si stabilisce che l'abbazia di San Magno di Fondi, di proprietà regionale, va in comodato d'uso all'Arcidiocesi di Gaeta. Nell'occasione, la chiesa rinascimentale e' stata restituita al culto. I lavori di restauro hanno, in particolare, riguardato la chiesa di età romana e la chiesa rinascimentale di Santa Maria Regina dei martiri fondani; la foresteria, dove andranno a vivere appunto i monaci benedettini; e l'acquedotto antico. L'intervento sarà completato entro la fine del 2008, con il recupero degli edifici monastici e la creazione di un itinerario che colleghi l'abbazia di San Magno con quella di Montecassino. ''In questi territori che hanno sofferto di scarsa progettazione - ha spiegato in quell'occasione il presidente Marrazzo - dobbiamo assumerci la responsabilità di saper programmare. E Fondi, in quest'ottica, potrà rappresentare un modello''. ''Dobbiamo ringraziare l’attuale amministrazione regionale - spiega il direttore del Parco Naturale dei Monti Aurunci, Giuseppe Marzano - che, attraverso il Parco, ha finanziato molti interventi di recupero di questo monumento. Gli ultimi, in ordine di tempo sono il restauro della chiesa superiore, degli scavi archeologici e degli straordinari affreschi del mille e cento sulla vita di San Benedetto, rimasti interrati per secoli nel totale degrado''. Ma i progetti per la nuova vita dell'Abbazia di San Magno non finiscono qui. ''Anche su impulso del direttore regionale del dipartimento Territorio, Raniero De Filippis, abbiamo pensato di adibire il terreno circostante il monastero ad orto, ripristinando un 'Giardino dei Semplici', che ospiterà anche una collezione di diverse specie di agrumi''. Inoltre, sono in arrivo numerose iniziative per i bambini e i ragazzi. ''Nel Mulino medioevale - aggiunge Marzano - faremo molte attività didattiche coinvolgendo le scuole del territorio e quelle regionali che ne faranno richiesta. In una parte del giardino coltiveremo grano per poter mostrare ai ragazzi tutte le fasi successive alla spiga: dalla molitura al forno''.